L’équipe de MUST se mobilise contre le COVID-19
Contactés le 17 mars dernier, les informaticiens de l’équipe en charge du mésocentre de calcul et stockage de l’université Savoie Mont Blanc (MUST), ont répondu présents à l’appel de la communauté scientifique qui se mobilise aujourd’hui contre le COVID-19.
De façon exceptionnelle, les ressources de la plateforme numérique seront mobilisées dans les prochains jours parl’équipe de Bruno Canard, spécialiste de la réplication virale des virus à ARN au laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB) de Marseille.
Afin de proliférer au sein d’un organisme, un virus comme le SARS-CoV2 à l’origine du COVID-19, déjoue les mécanismes immunitaires de sa cellule hôte. Pour ce faire, il utilise lui-même un ensemble de mécanismes mettant en œuvre des enzymes de réplication de son ARN : ce sont ces dernières qu’étudient les biologistes marseillais. Ces enzymes, exprimées par le virus, deviennent des cibles potentielles pour la mise au point de médicaments antiviraux.
« La puissance de calcul de MUST sera utilisée pour faire du criblage in-silico », commente Frédérique Chollet, responsable technique de la plateforme numérique. « C’est-à-dire pour sélectionner dans une banque de données comptant plusieurs millions de molécules, celles répondant à un cahier des charges bien précis et qui pourraient s’attaquer aux cinq cibles enzymatiques définies par Bruno Canard. »
Pour réaliser ce travail dédié à la recherche biomédicale, MUST sera mobilisé plusieurs semaines par la communauté « Biomed » qui soumettra ses tâches de calcul via la grille européenne EGI. MUST travaillera de concert avec d’autres mésocentres notamment à l’Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien à Strasbourg (CNRS – Université de Strasbourg) et au Centre de Physique des Particules de Marseille (CNRS – Aix-Marseille Université). « Pour mettre en œuvre ces grandes infrastructures informatiques distribuées (grille ou cloud), nous collaborons en permanence avec d’autres sites et nous avons l’habitude de nous mobiliser pour travailler sur des objectifs communs. L’équipe du mésocentre a été en mesure d’adapter très vite la plateforme numérique MUST afin d’autoriser les membres de « Biomed » à accéder à nos services », complète l’informaticienne. Les premiers tests ont eu lieu et le travail de criblage virtuel pourra démarrer dès que les données seront prêtes. Compte tenu des capacités de calcul de MUST, les ressources dédiées à la recherche contre le Covid 19 ne devraient pas gêner les projets scientifiques mobilisant habituellement les serveurs informatiques. « Les outils de surveillance qui sont les nôtres nous permettront d’y veiller. Nous ferons bien évidemment tout notre possible afin que la lutte contre le SARS-CoV2 ait la priorité ».
Pour en savoir plus : retrouvez l’interview de Bruno Canard dans le journal du CNRS, “La science fondamentale est notre meilleure assurance contre les épidémies”
Dans le cadre de la lutte contre l’épidémie de COVID-19, Bruno Canard est également co-porteur du projet de recherche, « Potentialiser les thérapies nucléosidiques existantes », l’une des vingt initiatives sélectionnées mi mars par le conseil scientifique REACTing, un consortium multidisciplinaire coordonné par l’Inserm et rassemblant des équipes et laboratoires d’excellence visant à préparer et coordonner la recherche contre les maladies infectieuses émergentes. Il a reçu le soutien du ministère des Solidarités et de la Santé et du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.
Retrouvez l’interview de Giovanni Lamanna, directeur du LAPP, sur l’implication du LAPP contre le coronavirus : https://www.youtube.com/watch?v=byM…